Lors d’une bataille pour la protection de la république galactique contre les Nieztscheens, le capitaine Dylan Hunt trahi par son second : un Nieztscheens. Pendant la bataille contre son second, le vaisseau du capitaine: l’Andromeda Ascendant est attiré dans un trou noir.
300 ans plus tard : Beka Valentine et son équipage retrouvent l’Andromeda. Pensant que celui-ci est vide, ils décident de le remorquer afin de le vendre. C’était sans compter la présence de Dylan Hunt toujours vivant et qui ne veut pas abandonner son vaisseau.
S’associant finalement avec cet équipage Dylan apprend que la république a été anéantie et qu’il en est le dernier représentant. Il fera tout pour essayer de la restaurer.