Stargate Atlantis suit les aventures d’une équipe de scientifiques et d’une section militaire qui se sont aventurés dans une ancienne cité abandonnée sur une planète située dans la galaxie de Pégase. Depuis la cité mythologique de l’Atlantide, ils trouveront un nouveau réseau de portes des étoiles menant à de nombreuses planètes peuplées d’humains. Ils devront alors affronter a un terrible ennemi le Wraith, bien plus puissant que les anciens qu'ils étaient venu chercher à l'origine. Leur mission sera de sauver l’humanité de cette terrible menace. Les nouveaux membres de cette prometteuse épopée seront le Major John Sheppard, un pilote militaire insubordonné, le Dr Elizabeth Weir ayant un passé trouble au sein du gouvernement de la Terre et Mikala, une très belle jeune femme Alien ayant la connaissance des divers monde de la galaxie de Pégase.